Le musée, créé en 1919 par Pierre de Brun, est installé dans un ancien hôtel particulier d'époque Renaissance classé Monument Historique au cœur de Saint-Rémy de Provence, l'hôtel Mistral de Mondragon. Le musée bénéficie de l’appellation Musée de France.
Le parcours ethnologique place le musée comme un acteur essentiel d'une mémoire riche et vivante. Le musée des Alpilles s'attache à rendre sensible et intelligible tout ce qui fait les fondements de la culture sain(rémoise et plus généralement du territoire des Alpilles. Ses collections variées, essentiellement constituées d'objets du quotidien, illustrent la relation étroite entre l'homme et la nature.
Le parcours d'arts graphiques souligne l'attractivité artistique du territoire, en révélant parmi des œuvres de renommée internationale nées ici, le travail remarquable de créateurs discrets, anonymes ou de notoriété locale.